chore: import upstream snapshot with attribution

docs/user_guide/zh/modules/tooling/README.md

@@ -0,0 +1,47 @@
+# Tooling 模块总览
+
+DevAll 目前支持两类工具绑定到 Agent 节点：
+1. **Function Tooling**：调用仓库内的 Python 函数（`functions/function_calling/`），通过 JSON Schema 自动生成工具签名。
+2. **MCP Tooling**：连接符合 Model Context Protocol 的外部服务，可直接复用 FastMCP、Claude Desktop 等工具生态。
+
+所有 Tooling 配置都挂载在 `AgentConfig.tooling`：
+```yaml
+nodes:
+  - id: solve
+    type: agent
+    config:
+      provider: openai
+      model: gpt-4o-mini
+      prompt_template: solver
+      tooling:
+        type: function
+        config:
+          tools:
+            - name: describe_available_files
+            - name: load_file
+          auto_load: true
+          timeout: 20
+```
+
+## 1. 生命周期
+1. 解析阶段：`ToolingConfig` 根据 `type` 选择 `FunctionToolConfig`、`McpRemoteConfig` 或 `McpLocalConfig`，字段定义来自 `entity/configs/tooling.py`。
+2. 运行阶段：Agent 节点根据响应启用工具调用；当 LLM 选择某工具时，执行器会将 `_context`（附件仓库、workspace 路径等）注入函数或通过 MCP 发送请求。
+3. 结束阶段：工具输出写入 Agent 消息流，必要时注册为附件（如 `load_file`）。
+
+## 2. 文档结构
+- [function.md](function.md)：Function Tooling 配置、上下文注入、最佳实践。
+- [function_catalog.md](function_catalog.md)：仓库内置函数清单与示例。
+- [mcp.md](mcp.md)：MCP 工具配置、自动启动、FastMCP 示例、安全提示。
+
+## 3. 快速对比
+| 维度 | Function | MCP |
+| --- | --- | --- |
+| 部署 | 同进程调用本地 Python 函数 | Remote：直连 HTTP 服务；Local：拉起本地进程并通过 stdio 连接 |
+| Schemas | 自动从类型注解 + `ParamMeta` 生成 | 由 MCP JSON Schema 提供 |
+| 上下文 | 自动注入 `_context`（附件/workspace） | 取决于 MCP 服务器实现 |
+| 典型用途 | 文件操作、本地脚本、内部 API | 第三方工具合集、浏览器、数据库代理 |
+
+## 4. 安全提示
+- Function Tooling 运行在后端进程中，应确保函数遵循最小权限原则；不要在函数中执行不受控的命令。
+- MCP Tooling 分为 **Remote (HTTP)** 与 **Local (stdio)**。Remote 仅配置已有服务器地址；Local 会拉起进程，请使用受控脚本并限制环境变量，必要时通过 `wait_for_log` 等字段判断进程是否就绪。
+- 若工具可能修改附件或 workspace，请结合 [附件指南](../../attachments.md) 了解生命周期与清理策略。

docs/user_guide/zh/modules/tooling/function.md

@@ -0,0 +1,80 @@
+# Function Tooling 配置指南
+
+`FunctionToolConfig` 允许 Agent 节点调用仓库中的 Python 函数。相关代码位于 `entity/configs/tooling.py`、`utils/function_catalog.py` 以及 `functions/function_calling/`。
+
+## 1. 配置字段
+| 字段 | 说明 |
+| --- | --- |
+| `tools` | 列表，元素为 `FunctionToolEntryConfig`。每个条目至少包含 `name`。|
+| `timeout` | 单次工具执行的超时时间（秒）。|
+
+`FunctionToolEntryConfig` 字段：
+- `name`：函数名，来自 `functions/function_calling/` 文件的顶级函数。
+
+### 函数列表展示与 `module_name:All`
+- UI 下拉列表会将每个函数展示为 `module_name:function_name`。`module_name` 等于函数文件相对于 `functions/function_calling/` 的路径（去掉 `.py`，子目录使用 `/` 连接），便于快速定位语义相关模块。
+- 每个模块顶部都会自动插入 `module_name:All` 选项，并且所有模块的 `All` 条目按照字典序排在列表最前。选择该项时会在解析阶段展开为该模块下的所有函数，顺序同样遵循字典序。
+- `module_name:All` 只能批量引入函数，禁止同时填写 `description`、`parameters` 或 `auto_fill` 等覆盖字段；若需要自定义，请展开后针对具体函数单独配置。
+- 函数与模块都采用全局字典序排列，使长列表更易检索；YAML 中仍然以真实函数名落盘，`module_name:All` 仅作为输入辅助。
+
+## 2. 函数目录要求
+- 路径：`functions/function_calling/`（可通过 `MAC_FUNCTIONS_DIR` 覆盖）。
+- 每个函数：
+  - 必须位于模块顶层。
+  - 使用 Python 类型注解；若需枚举或描述，可使用 `typing.Annotated[..., ParamMeta(...)]`。
+  - 不允许以 `_` 开头的参数暴露给 Agent；`*_args`、`**kwargs` 会被过滤。
+  - 可以通过 docstring 的首段提供描述（自动截断为 600 字符）。
+- `utils/function_catalog.py` 会在启动时生成 JSON Schema，并向前端/CLI 暴露。
+
+## 3. 上下文注入
+执行器会对被调用的函数提供 `_context` 关键字参数，包含：
+| 键 | 值 |
+| --- | --- |
+| `attachment_store` | `utils.attachments.AttachmentStore` 实例，可查询/注册附件。|
+| `python_workspace_root` | 当前 Session 的 `code_workspace/`。|
+| `graph_directory` | Session 根目录，可推导相对路径。|
+| `human_prompt` | `utils.human_prompt.HumanPromptService`，可调用 `request()` 触发人工反馈。|
+| 其他 | 视运行环境扩展，例如 `session_id`、`node_id`。|
+
+函数可声明 `_context: dict | None = None` 并自行解析（参考 `functions/function_calling/file.py` 中的 `FileToolContext`，还可参考 `functions/function_calling/user.py`）。
+
+## 4. 示例：文件读取工具
+```python
+from typing import Annotated
+from utils.function_catalog import ParamMeta
+
+
+def read_text_file(
+    path: Annotated[str, ParamMeta(description="workspace 相对路径")],
+    *,
+    encoding: str = "utf-8",
+    _context: dict | None = None,
+) -> str:
+    ctx = FileToolContext(_context)
+    target = ctx.resolve_under_workspace(path)
+    return target.read_text(encoding=encoding)
+```
+在 YAML 中引用：
+```yaml
+nodes:
+  - id: summarize
+    type: agent
+    config:
+      tooling:
+        type: function
+        config:
+          tools:
+            - name: describe_available_files
+            - name: read_text_file
+```
+
+## 5. 扩展流程
+1. 在 `functions/function_calling/` 新建模块或函数。
+2. 使用类型注解 + `ParamMeta` 描述参数；如需禁止自动 Schema，可设置 `auto_fill: false` 并提供手写 `parameters`。
+3. 若函数依赖额外第三方库，可在仓库 `requirements.txt`/`pyproject.toml` 中声明，或在函数内调用 `install_python_packages`（同目录提供）动态安装。
+4. 运行 `python -m tools.export_design_template ...` 以刷新前端枚举。
+
+## 6. 调试与排错
+- 若前端/CLI 报告 “function 'xxx' not found”，检查函数名称与文件是否位于 `MAC_FUNCTIONS_DIR`（默认 `functions/function_calling/`）。
+- `function_catalog` 加载失败时，`FunctionToolEntryConfig.field_specs()` 会在描述中提示错误，请先修复函数语法或依赖。
+- 工具运行超时会向 Agent 返回异常文本；可通过 `timeout` 扩大限额，或在函数内部自行捕获并返回友好错误。

docs/user_guide/zh/modules/tooling/function_catalog.md

@@ -0,0 +1,168 @@
+# 内置 Function 工具目录
+
+本文档列出 `functions/function_calling/` 目录中预置的所有工具，供 Agent 节点通过 Function Tooling 调用。
+
+## 快速导入
+
+在 YAML 中可通过以下方式引用：
+
+```yaml
+tooling:
+  - type: function
+    config:
+      tools:
+        - name: file:All           # 导入整个模块
+        - name: save_file          # 导入单个函数
+        - name: deep_research:All
+```
+
+---
+
+## 文件操作 (file.py)
+
+文件与目录操作工具集，用于在 `code_workspace/` 中进行文件管理。
+
+| 函数 | 说明 |
+|------|------|
+| `describe_available_files` | 列出附件仓库和 code_workspace 中的可用文件 |
+| `list_directory` | 列出指定目录内容 |
+| `create_folder` | 创建文件夹（支持多级目录） |
+| `delete_path` | 删除文件或目录 |
+| `load_file` | 加载文件并注册为附件，支持多模态（文本/图片/音频） |
+| `save_file` | 保存文本内容到文件 |
+| `read_text_file_snippet` | 读取文本片段（offset + limit），适合大文件 |
+| `read_file_segment` | 按行范围读取文件，支持行号元数据 |
+| `apply_text_edits` | 应用多处文本编辑，保留换行符和编码 |
+| `rename_path` | 重命名文件或目录 |
+| `copy_path` | 复制文件或目录树 |
+| `move_path` | 移动文件或目录 |
+| `search_in_files` | 在工作区文件中搜索文本或正则模式 |
+
+**示例 YAML**：[ChatDev_v1.yaml](../../../../../yaml_instance/ChatDev_v1.yaml)、[file_tool_use_case.yaml](../../../../../yaml_instance/file_tool_use_case.yaml)
+
+---
+
+## Python 环境管理 (uv_related.py)
+
+使用 uv 管理 Python 环境和依赖。
+
+| 函数 | 说明 |
+|------|------|
+| `install_python_packages` | 使用 `uv add` 安装 Python 包 |
+| `init_python_env` | 初始化 Python 环境（uv lock + venv） |
+| `uv_run` | 在工作区内执行 uv run，运行模块或脚本 |
+
+**示例 YAML**：[ChatDev_v1.yaml](../../../../../yaml_instance/ChatDev_v1.yaml)
+
+---
+
+## 深度研究 (deep_research.py)
+
+搜索结果管理与报告生成工具，适用于自动化研究场景。
+
+### 搜索结果管理
+
+| 函数 | 说明 |
+|------|------|
+| `search_save_result` | 保存或更新搜索结果（URL、标题、摘要、详情） |
+| `search_load_all` | 加载所有已保存的搜索结果 |
+| `search_load_by_url` | 按 URL 加载特定搜索结果 |
+| `search_high_light_key` | 为搜索结果保存高亮关键词 |
+
+### 报告管理
+
+| 函数 | 说明 |
+|------|------|
+| `report_read` | 读取报告完整内容 |
+| `report_read_chapter` | 读取特定章节（支持多级路径如 `Intro/Background`） |
+| `report_outline` | 获取报告大纲（标题层级结构） |
+| `report_create_chapter` | 创建新章节 |
+| `report_rewrite_chapter` | 重写章节内容 |
+| `report_continue_chapter` | 追加内容到现有章节 |
+| `report_reorder_chapters` | 重新排序章节 |
+| `report_del_chapter` | 删除章节 |
+| `report_export_pdf` | 导出报告为 PDF |
+
+**示例 YAML**：[deep_research_v1.yaml](../../../../../yaml_instance/deep_research_v1.yaml)
+
+---
+
+## 网络工具 (web.py)
+
+网络搜索与网页内容获取。
+
+| 函数 | 说明 |
+|------|------|
+| `web_search` | 使用 Serper.dev 执行网络搜索，支持分页和多语言 |
+| `read_webpage_content` | 使用 Jina Reader 读取网页内容，支持速率限制 |
+
+**环境变量**：
+- `SERPER_DEV_API_KEY`：Serper.dev API 密钥
+- `JINA_API_KEY`：Jina API 密钥（可选，无密钥时自动限速 20 RPM）
+
+**示例 YAML**：[deep_research_v1.yaml](../../../../../yaml_instance/deep_research_v1.yaml)
+
+---
+
+## 视频工具 (video.py)
+
+Manim 动画渲染与视频处理。
+
+| 函数 | 说明 |
+|------|------|
+| `render_manim` | 渲染 Manim 脚本，自动检测场景类并输出视频 |
+| `concat_videos` | 使用 FFmpeg 拼接多个视频文件 |
+
+**示例 YAML**：[teach_video.yaml](../../../../../yaml_instance/teach_video.yaml)、[teach_video.yaml](../../../../../yaml_instance/teach_video.yaml)
+
+---
+
+## 代码执行 (code_executor.py)
+
+| 函数 | 说明 |
+|------|------|
+| `execute_code` | 执行 Python 代码字符串，返回 stdout 和 stderr |
+
+> ⚠️ **安全提示**：此工具具有高权限，应仅在可信工作流内使用。
+
+---
+
+## 用户交互 (user.py)
+
+| 函数 | 说明 |
+|------|------|
+| `call_user` | 向用户发送指令并获取响应，用于需要人工输入的场景 |
+
+---
+
+## 天气查询 (weather.py)
+
+示例工具，用于演示 Function Calling 流程。
+
+| 函数 | 说明 |
+|------|------|
+| `get_city_num` | 返回城市编号（硬编码示例） |
+| `get_weather` | 根据城市编号返回天气信息（硬编码示例） |
+
+---
+
+## 添加自定义工具
+
+1. 在 `functions/function_calling/` 目录下创建 Python 文件
+2. 使用类型注解定义参数：
+
+```python
+from typing import Annotated
+from utils.function_catalog import ParamMeta
+
+def my_tool(
+    param1: Annotated[str, ParamMeta(description="参数描述")],
+    *,
+    _context: dict | None = None,  # 可选，系统自动注入
+) -> str:
+    """函数描述（会显示给 LLM）"""
+    return "result"
+```
+
+3. 重启后端服务器
+4. 在 Agent 节点中通过 `name: my_tool` 或 `name: my_module:All` 引用

docs/user_guide/zh/modules/tooling/mcp.md

@@ -0,0 +1,92 @@
+# MCP Tooling 指南
+
+MCP 工具被明确拆分为 **Remote (HTTP)** 与 **Local (stdio)** 两种模式，对应 `tooling.type: mcp_remote` 与 `tooling.type: mcp_local`。旧的 `type: mcp` schema 已下线，请在 YAML 与文档中全部迁移。
+
+## 1. 配置模式概览
+| 模式 | Tooling type | 适用场景 | 关键字段 |
+| --- | --- | --- | --- |
+| Remote | `mcp_remote` | 已部署的 HTTP(S) MCP 服务器（如 FastMCP、Claude Desktop Connector、自建代理） | `server`、`headers`、`timeout` |
+| Local | `mcp_local` | 通过 stdio 握手的本地可执行脚本（Blender MCP、CLI 工具等） | `command`、`args`、`cwd`、`env` 等进程字段 |
+
+## 2. `McpRemoteConfig` 字段
+| 字段 | 说明 |
+| --- | --- |
+| `server` | 必填，MCP HTTP(S) 端点，例如 `https://api.example.com/mcp`。 |
+| `headers` | 可选，附加 HTTP 头（如 `Authorization`）。 |
+| `timeout` | 可选，单次工具调用超时时间（秒）。 |
+
+**YAML 示例：**
+```yaml
+nodes:
+  - id: remote_mcp
+    type: agent
+    config:
+      tooling:
+        type: mcp_remote
+        config:
+          server: https://mcp.mycompany.com/mcp
+          headers:
+            Authorization: Bearer ${MY_MCP_TOKEN}
+          timeout: 15
+```
+DevAll 会在列举/调用工具时连接该 URL，并携带 `headers`。若服务器不可达，将直接抛出错误，不再尝试本地回退。
+
+## 3. `McpLocalConfig` 字段
+`mcp_local` 直接在 `config` 下声明进程参数：
+- `command` / `args`：可执行文件与参数（如 `uvx blender-mcp`）。
+- `cwd`：可选工作目录。
+- `env` / `inherit_env`：定制子进程环境；默认继承父进程后再覆盖。
+- `startup_timeout`：等待 `wait_for_log` 命中的最长秒数。
+- `wait_for_log`：stdout 正则，用于判定“就绪”。
+
+**YAML 示例：**
+```yaml
+nodes:
+  - id: local_mcp
+    type: agent
+    config:
+      tooling:
+        type: mcp_local
+        config:
+          command: uvx
+          args:
+            - blender-mcp
+          cwd: ${REPO_ROOT}
+          wait_for_log: "MCP ready"
+          startup_timeout: 8
+```
+运行期间 DevAll 会保持该进程常驻，并通过 stdio 传输 MCP 数据帧。
+
+## 4. FastMCP 示例服务器
+`mcp_example/mcp_server.py`：
+```python
+from fastmcp import FastMCP
+import random
+
+mcp = FastMCP("Company Simple MCP Server", debug=True)
+
+@mcp.tool
+def rand_num(a: int, b: int) -> int:
+    return random.randint(a, b)
+
+if __name__ == "__main__":
+    mcp.run()
+```
+启动：
+```bash
+uv run fastmcp run mcp_example/mcp_server.py --transport streamable-http --port 8010
+```
+- 若以 Remote 模式使用，只需将 `server` 指向 `http://127.0.0.1:8010/mcp`。
+- 若以 Local 模式使用，可将 `command` 设置为 `uv run fastmcp run ...` 并保持 `transport=stdio`。
+
+## 5. 安全与运维
+- **网络暴露**：Remote 模式建议置于 HTTPS 反向代理之后，并结合 API Key/ACL；Local 模式进程仍可访问宿主机文件，请限制其权限。
+- **资源回收**：Local 模式由 DevAll 负责终止子进程，确保脚本可以正确处理 SIGTERM/SIGKILL。
+- **日志定位**：为 `wait_for_log` 输出清晰的“ready”日志，便于在超时时排查。
+- **鉴权**：Remote 模式通过 `headers` 传递 Token；Local 模式可在 `env` 中注入密钥，注意不要写入仓库。
+- **多会话**：MCP 服务若不支持多客户端，可在模型或工具层设置 `max_concurrency=1` 并在 YAML 中复用同一配置。
+
+## 6. 调试步骤
+1. Remote：使用 curl 或 `fastmcp client` 测试 HTTP 端点；Local：先单独运行并确认 stdout 中有 `wait_for_log` 匹配的文本。
+2. 启动 DevAll（可加 `--reload`），观察后端日志是否打印工具清单。
+3. 若调用失败，查看 Web UI 中的工具请求/响应，或在 `logs/` 中搜索对应 session 的结构化日志。