norman-bury--research-writing-skill/modules/workflow-lifecycle.md

论文全流程编排模块（Lifecycle Orchestration）

本模块用于把“选题到投稿”拆成可执行阶段，并让 AI 在每阶段产出可追踪文档。

适用场景：

• 用户要做整篇论文长期协作
• 用户希望知道下一阶段该做什么
• 用户准备投稿，需要补齐材料与合规项

一、阶段总览（Stage Gates）

阶段	目标	AI可执行动作	必交付物
S0 启动与边界	明确研究问题与约束	讨论题目、研究问题、截止时间、格式规则	plan/project-overview.md
S1 方案与注册	固化研究计划	生成研究方案草稿、可选预注册清单	plan/stage-gates.md（S1）
S2 文献检索	构建可追溯证据池	生成检索式、去重策略、纳排标准	plan/notes.md（检索日志）
S3 大纲与方法	锁定结构和方法路线	对齐章节结构、方法与数据要求	plan/outline.md
S4 写作与图表	形成完整初稿	章节写作、图表脚本、结果解释	paper/* 与 figures/*
S5 质量与合规	降低投稿风险	逐项做报告规范检查、引用核验、AI使用披露检查	plan/progress.md（质量记录）
S6 投稿包准备	完成可提交材料	生成 cover letter、贡献声明、数据共享声明草稿	plan/submission-checklist.md（可选）
S7 返修与归档	版本迭代与复现归档	生成回复审稿意见草稿、变更日志、复现清单	plan/notes.md（返修记录）

二、按阶段补充能力（你这个 skill 现在可新增的重点）

S0 启动与边界

AI除了建 plan，还应做：

1. 输出“任务边界声明”：本轮只改哪些文件，不改哪些文件。
2. 输出“验收标准”：每阶段什么算完成。
3. 记录用户写作偏好（无加粗、段间空一行、正文少列表）。

S1 方案与注册

AI可做：

1. 根据研究类型推荐是否进行预注册（preregistration）。
2. 给出 OSF 注册模板选择建议与字段草稿。
3. 对临床研究提醒注册与数据共享要求。

S2 文献检索

AI可做：

1. 先做 broad search，再做 focused search（主题词收敛）。
2. 维护检索日志：数据库、检索式、日期、结果数。
3. DOI 元数据回填与去重（题名+作者+年份+DOI）。
4. 对系统综述任务，自动维护 PRISMA 所需流程统计项。

S3 大纲与方法

AI可做：

1. 先按研究类型路由报告规范，再反推章节骨架。
2. 在 outline.md 里标记“必含方法信息”和“可选扩展信息”。
3. 给出图表规划表（图号、变量、统计方法、文件路径）。

S4 写作与图表

AI可做：

1. 保持你定义的排版约束（无加粗、段间空一行）。
2. 对每章生成“证据—论点映射”，避免空泛段落。
3. 画图前自动检查环境；画图后写入图注草稿与复现实验参数。

S5 质量与合规

AI可做：

1. 研究类型到报告规范清单映射（逐项核对缺失项）。
2. 引用一致性检查（文内引用是否在参考文献出现）。
3. AI 使用披露草稿（如目标期刊要求）。
4. 相似性风险检查提示（重点是人工判读，不只看分数）。

S6 投稿包准备

AI可做：

1. 生成投稿材料骨架：cover letter、作者贡献、利益冲突、伦理声明、数据共享声明。
2. 生成“期刊适配清单”：字数、图表数、参考文献样式、附件要求。
3. 生成提交前最终检查单（文件命名、盲审信息清理、元数据一致性）。

S7 返修与归档

AI可做：

1. 生成“审稿意见-响应矩阵”（comment-by-comment）。
2. 对每条意见标注：接受/部分接受/不接受 + 理由 + 修改位置。
3. 输出变更日志（版本号、日期、改动范围、风险点）。

三、研究类型与报告规范路由

当用户说明研究类型时，优先映射到对应规范：

1. 随机对照试验（RCT）

• 优先：CONSORT 2025（结果报告）
• 协同：SPIRIT 2025（方案/protocol）

2. 观察性研究（队列/病例对照/横断面）

• 优先：STROBE checklist

3. 系统综述/Meta

• 优先：PRISMA 2020（27-item + flow diagram）

4. 医学投稿综合约束

• 参考：ICMJE Recommendations（当前站点显示更新为 2026-01）

四、默认产物策略（建议启用）

每个阶段至少保留一个“可审计”文件：

1. S0/S1：project-overview.md + stage-gates.md
2. S2/S3：notes.md + outline.md
3. S4：章节正文 + 图表脚本
4. S5/S6：progress.md + 投稿检查清单
5. S7：notes.md 中的返修记录

五、执行协议（AI必须遵守）

1. 开始任务前先判断当前处于哪个阶段。
2. 若阶段不明，先提出 3 个确认问题再执行。
3. 每完成一轮操作，更新 stage-gates.md 和 progress.md。
4. 若用户跳过阶段，AI要提示风险并记录在 notes.md。

六、外部依据（官方来源）

1. EQUATOR reporting guidelines 检索库

• https://www.equator-network.org/reporting-guidelines/

2. PRISMA 2020（27-item + flow diagram）

• https://www.prisma-statement.org/prisma-2020-statement
• https://www.prisma-statement.org/prisma-2020-checklist

3. SPIRIT/CONSORT 2025（protocol 与 RCT 报告）

• https://www.consort-spirit.org/

4. STROBE 观察性研究清单

• https://www.strobe-statement.org/checklists/

5. ICMJE Recommendations（站点显示更新：2026-01）

• https://www.icmje.org/recommendations
• https://www.icmje.org/recommendations/browse/manuscript-preparation/sending-the-submission.html
• https://www.icmje.org/recommendations/browse/artificial-intelligence/ai-use-by-authors.html

6. 文献与作者元数据生态

• Crossref REST API: https://www.crossref.org/documentation/retrieve-metadata/rest-api/
• OpenAlex Works Search: https://docs.openalex.org/api-entities/works/search-works
• ORCID Public API: https://info.orcid.org/what-is-orcid/services/public-api/

7. 引用与软件/数据可引用性

• Zotero Word Processor Integration: https://www.zotero.org/support/word_processor_integration
• GitHub CITATION.cff: https://docs.github.com/en/repositories/managing-your-repositorys-settings-and-features/customizing-your-repository/about-citation-files
• Zenodo CITATION.cff: https://help.zenodo.org/docs/github/describe-software/citation-file/

8. 数据与复现

• FAIR principles (Sci Data 2016): https://www.nature.com/articles/sdata201618
• DataCite Schema 4.6 (Released 2024-12-05): https://schema.datacite.org/
• CRediT taxonomy (NISO): https://credit.niso.org/