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.. _guide_ko-graph-external:
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1.4 외부 소스를 사용한 그래프 생성하기
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-----------------------------------------
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:ref:`(English Version)<guide-graph-external>`
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외부 소스들로부터 :class:`~dgl.DGLGraph` 를 만드는 옵션들:
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- 그래프 및 회소 행렬을 위한 python 라이브러리(NetworkX 및 SciPy)로부터 변환하기
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- 디스크에서 그래프를 로딩하기
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이 절에서는 다른 그래프를 변환해서 그래프를 생성하는 함수들은 다루지 않겠다. 그 방법들에 대한 소개는 매뉴얼의 API를 참조하자.
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외부 라이브러리를 사용해서 그래프 생성하기
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아래 코드는 SciPy 희소행렬과 NetworkX 그래프로부터 그래프를 생성하는 예제이다.
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.. code::
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>>> import dgl
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>>> import torch as th
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>>> import scipy.sparse as sp
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>>> spmat = sp.rand(100, 100, density=0.05) # 5% nonzero entries
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>>> dgl.from_scipy(spmat) # from SciPy
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Graph(num_nodes=100, num_edges=500,
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ndata_schemes={}
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edata_schemes={})
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>>> import networkx as nx
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>>> nx_g = nx.path_graph(5) # a chain 0-1-2-3-4
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>>> dgl.from_networkx(nx_g) # from networkx
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Graph(num_nodes=5, num_edges=8,
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ndata_schemes={}
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edata_schemes={})
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`nx.path_graph(5)` 로부터 만들면 생성된 :class:`~dgl.DGLGraph` 는 4개가 아니라 8개의 에지를 갖는 점을 유의하자. 이유는 `nx.path_graph(5)` 는 방향이 없는 NetworkX 그래프 :class:`networkx.Graph` 를 만드는데, :class:`~dgl.DGLGraph` 는 항상 방향이 있는 그래프이기 때문이다. 방향이 없는 NetworkX 그래프를 :class:`~dgl.DGLGraph` 로 변환하면, DGL은 내부적으로 방향이 없는 에지를 두개의 방향이 있는 에지로 변환한다. :class:`networkx.DiGraph` 를 사용하면 이런 현상을 피할 수 있다.
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.. code::
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>>> nxg = nx.DiGraph([(2, 1), (1, 2), (2, 3), (0, 0)])
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>>> dgl.from_networkx(nxg)
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Graph(num_nodes=4, num_edges=4,
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ndata_schemes={}
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edata_schemes={})
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.. note::
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내부적으로 DGL은 SciPy 행렬과 NetworkX 그래프를 텐서로 변환해서 그래프를 만든다. 따라서, 이 생성 방법은 성능이 중요한 곳에 사용되기 적합하지 않다.
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참고할 API들: :func:`dgl.from_scipy` , :func:`dgl.from_networkx` .
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디스크에서 그래프 로딩하기
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그래프를 저장하기 위한 여러 데이터 포멧들이 있는데, 모든 옵션들을 나열하기는 불가능하다. 그래서 이 절에서는 공통적인 것들에 대한 일반적인 참조만 소개한다.
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Comma Separated Values (CSV)
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""""""""""""""""""""""""""""
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아주 일반적인 포멧으로 CSV가 사용된다. 이는 노드, 에치, 그리고 그것들의 피처들을 테이블 형태로 저장한다.
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.. table:: nodes.csv
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+-----------+
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|age, title |
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+===========+
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|43, 1 |
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+-----------+
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|23, 3 |
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+-----------+
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|... |
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+-----------+
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.. table:: edges.csv
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+-----------------+
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|src, dst, weight |
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+=================+
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|0, 1, 0.4 |
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+-----------------+
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|0, 3, 0.9 |
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+-----------------+
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|... |
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+-----------------+
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잘 알려진 Python 라이브러리들(예, pandas)을 사용해서 이 형태의 데이터를 python 객체(예, :class:`numpy.ndarray` )로 로딩하고, 이를 DGLGraph로 변환하는데 사용할 수 있다. 만약 백엔드 프레임워크가 디스크에서 텐서를 저장하고/읽는 기능(예, :func:`torch.save` , :func:`torch.load` )을 제공한다면, 그래프를 만드는데 이용할 수 있다.
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함께 참조하기: `Tutorial for loading a Karate Club Network from edge pairs CSV <https://github.com/dglai/WWW20-Hands-on-Tutorial/blob/master/basic_tasks/1_load_data.ipynb>`_.
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JSON/GML 포멧
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""""""""""""
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특별히 빠르지는 않지만 NetworkX는 `다양한 데이터 포멧 <https://networkx.github.io/documentation/stable/reference/readwrite/index.html>`_ 을 파싱하는 유틸리티들을 제공하는데, 이를 통해서 DGL 그래프를 만들 수 있다.
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DGL 바이너리 포멧
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""""""""""""""
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DGL은 디스크에 그래프를 바이너리 형태로 저장하고 로딩하는 API들을 제공한다. 그래프 구조와 더불어, API들은 피처 데이터와 그래프 수준의 레이블 데이터도 다룰 수 있다. DGL은 그래프를 직접 S3 또는 HDFS에 체크포인트를 할 수 있는 기능을 제공한다. 러퍼런스 메뉴얼에 자세한 내용이 있으니 참고하자.
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참고할 API들: :func:`dgl.save_graphs` , :func:`dgl.load_graphs`
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